巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿术后是能怀孕，所以不要担心，需要看一下平时的月经情况的，怀孕前需要全面体检看一下，注意看看经期的情况是否规律或者预防囊肿反复的情况，巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
