卵巢巧克力囊肿复发的原因有很多，除了手术不成功处，还有就是在手术后不注意护理，也会使疾病复发。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变等。
现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。
卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
要手术治疗，做腹腔镜手术将囊肿切除。有卵巢巧克力囊肿容易影响到卵巢的功能，影响月经，也可能会出现小腹疼痛的症状，这种肿瘤大多是一种良性肿瘤，但是很有可能会出现恶变，保持乐观，注意休息。
卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。
