腰椎穿刺术有一定的危险性，并且有禁忌症。
腰椎穿刺术因为要深入脊椎管内，需要在没有消毒的情况下进行，可能引起中枢的炎症。腰椎间盘穿刺时不要吸入过多的脑脊液，以免引起快速的颅内压力下降，引起头疼，甚至是昏迷。此外，由于种种因素造成的颅内压力升高、脑肿瘤、腹股沟疝、有可能发生脑疝、重度惊厥等，都不能进行手术。
手术治疗均存在一定风险，但随着技术水平的不断提高，目前该手术风险相对较小，瘫痪几率较低。可能会感染，所有的切开手术包括微创切开手术，都存在感染风险，日常已经进行了很多的抗感染治疗。
目前这种手术比较成熟，基本上没有什么后遗症的，出现后遗症的可能在1%左右，一般表现为麻木疼痛症状但时间不缓解、下肢活动运动障碍。不要过于担心，出现的概率是比较小的。可以到三医院骨科做这个手术治疗。这种手术可以做微创手术。
目前治疗腰椎间盘突出，通过微创手术技术已经非常成熟，但也是有一定风险的，常见的微创手术有臭氧微创，间盘镜微创，胶原酶松解等。这些主要是针对突出治疗的，但如果合并椎管狭窄，黄韧带肥厚，一般是不适合的。手术后一般痛苦比较小，恢复比较快。
腰椎间盘突出属于腰椎的退行性疾病。开放手术治疗腰椎间盘突出手术是具有一定的风险的。首先是局部的伤口有感染的风险，另外就是手术中有损伤神经根的风险，还有就是局部的地方术后存在血肿的风险，另外就是有复发的可能。当然总体风险还是比较低，绝大部分手术以后可以明显的改善腰腿疼。
腰椎椎间孔镜手术安全。以前的腰椎间盘突出，一般都是在全麻的情况下进行的，一旦遇到了神经根，病人就不会有任何的反应，也就不知道有没有碰到神经根。腰椎椎间孔镜手术是在局部麻醉下进行的，一旦触碰到了神经根，病人就会做出相应的反应，从而可以让医生在第一时间停止手术。因此，此法具有安全、创伤小、术后恢复快等优点，是较为理想的治疗方法。