对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。
纤维支气管镜检查是诊断气管、支气管结核的重要方法，对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。另外，通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的(+)。
如果能明确诊断病因，就不需要进行支气管镜的检查，如果不能明确具体的诊断，有必要进行支气管镜的检查，排除一些其它的问题，排除一些支气管内膜结核、支气管肿瘤的可能性，要结合实际情况来进行分析。
支气管镜检查需要700元-2000元左右。支气管镜检查取决于做支气管镜的项目、选择的麻醉方式，以及不同等级的医院的收费标准可能不完全一样。针对肺炎做支气管镜的检查的比较多，多采取局麻的方式，项目包括支气管镜检查、支气管镜肺泡灌洗以及支气管镜下刷检。
原因不明的咯血或痰中带血。刺激性咳嗽加重，出现局限性肺气肿、阻塞性肺炎或肺不张。突然出现声音嘶哑。支气管、肺部疾病或弥漫性肺部疾病诊断困难时。肺部支气管肿块，纵隔淋巴结肿大。支气管异物等，都会做支气管镜检查。
气管镜检查需要八分钟到20分钟左右，气管镜检查是将比较细长的一根管子，从病人的嘴里或者鼻腔进入气管和支气管以及更远端，直接观察气管和支气管的病变，甚至可以根据病变进行相应的检查和现场治疗。