黑素是一种激素，长期、大量、不按规范服用可能会导致内分泌失调；长期服用褪黑素可能会引起白天嗜睡、头痛、头晕等现象。极少数情况下会出现腹部不适、轻度焦虑、易怒、过敏、思维混乱和持续沮丧的情况。
褪黑素是不可以长期服用的，过多服用褪黑素会导致人体内的激素浓度降低，使人精神萎靡，疲乏劳累，还容易有注意力分散反应缓慢，敏感度降低，开车时非常容易出现事故。
服用褪黑素来缓解睡眠，不用过多担心副作用，只要按剂量服用，不会有什么问题。但是长期、过量服用褪黑素，有可能会使体内毒素沉积过多，会伤到大脑神经，出现神志不清、头晕、乏力等副作用。
褪黑素最主要的作用，还是调理睡眠，改善睡眠质量。现在上班人群压力过大，容易造成失眠的情况。这时候可以考虑服用褪黑素来缓解，不用担心副作用，只要按剂量服用，是不会有什么问题的。如果褪黑素服用过量，肯定是会产生一定副作用的。长时间服用，具有一定的毒性，长期过量服用褪黑素，可能会使自身体内毒素沉积过多，影响到自身生理功能的正常运转，还有可能会伤到大脑神经，使自身容易出现神志不清的问题。
会导致体内的激素水平紊乱，可能会出现失眠、精神、情志的改变，如抑郁症的发生。导致其在体内的蓄积，而发生过敏反应出现喉头水肿甚至威胁生命等。能使脑血管处于收缩状态，诱发中风病的出现。
该药有副作用，不能长期服用，但副作用较少，该药的副作用在服用此药的早期，患者会出现头晕、头痛，还有一些患者会出现胃肠道的不适症状，比如恶心、呕吐，或者有些患者在服用的过程中，出现粒细胞的减少、胆汁淤积性的肝损害。
