肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。
肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
肛瘘挂线是治疗肛瘘的一种手术方法，手术费只收一次并不论天数收费。如果住院手术每天的床位费、护理费还是按天数算的。这些费用不同地区、不同性质、不同级别的医院差别很大。
得了肛瘘，必须通过手术治疗，肛瘘的手术一般都是以挂线手术为主，有高位的和低位的，肛瘘的手术，也有复发的，这是需要术后积极治疗和观察的。肛瘘直肠内和肛门皮肤外面两个口相通，大便从小洞里流出，成为肛瘘。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
