通常经干扰素治疗有效者，治疗疗程一般为1-2年；若经干扰素治疗效果不佳者，则需要长期服用抗病毒药物进行治疗，可防止出现肝硬化、肝癌等并发症，对于提高患者生活质量有重要意义。因此，乙肝患者长期进行抗病毒治疗。
乙肝抗病毒治疗时间一般需要半年康复，有的也要依照病情来看治疗多久。有可能需要终身服用药物，如果肝功能正常，乙肝病毒DNA并不是太高，可以停止治疗，定期复查即可。
乙肝抗病毒可以用干扰素注射治疗，干扰素的疗程一般是1年，主要是通过提高免疫力。大三阳的患者，服用到大三阳转成小三阳以后再巩固3年，原则上可以停药。小三阳的患者，乙肝表面抗原转阴1年以后才有停药的可能。
对生存期没有影响。有部分不注意复查治疗，最终导致了肝硬化、肝癌。目前没有药物可以将乙肝彻底治愈。对于乙肝如果肝功能正常，病毒量不高，可以暂时的观察，不需要特殊的治疗。如果出现肝功能异常，病毒量相当高，应当注意保肝和抗病毒治疗。
乙肝抗病毒治疗多久需依据具体情况而定，特别是哪一种乙肝状态。如果是年轻人，仅是个大三阳，一般进行抗病毒治疗，大三阳转小三阳以后，再服用药物三年就可以考虑停药，对于小三阳，进行乙肝表面抗原阴性要持续一年以上，才考虑能否停药，对于肝硬化、肝癌，不管是大三阳还是小三阳，都要终身服药，不能停药。
一年以上，扰素抗乙肝病毒治疗，大概疗程在半年到一年的时间，另一个方案就是口服核苷酸类的药物进行抗病毒治疗，由于核苷酸类的药物只能有效的抑制病毒，而不能清除病毒，所以过早的停药，容易引起病毒的反弹，造成病情的恶化，如果各方面条件允许，需要长期治疗。
