肾囊肿的治疗要看囊肿的大小和位置。如果是比较小的是囊肿，比如在四厘米以下，那么肾囊肿就不需要特殊的处理，定期复查泌尿系统超声就可以，一般每3到6个月复查一次。如果是囊肿大于五厘米，或者是出现的反复的泌尿系统的感染，腰疼，那么就需要做手术来治疗了。手术一般是做一个腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，手术损伤比较小，是微创手术，住院时间也比较短，预后很好。
如果仅为单侧单个肾囊肿，或双侧少量的肾囊肿，直径一般2cm左右。无明显的临床症状，通常在体检过程中被发现，不需治疗，只要6个月到1年随诊即可。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，则会影响肾功能或引起尿路梗阻，需要手术治疗，手术一般是做一个腹腔镜下肾囊肿去顶减压术。
颅内有囊肿可手术切除，脑囊肿是指脑组织与其附属物形成囊性肿物，并产生不同程度的脑压症状的病症，脑囊肿属良性赘物，因其体积庞大产生对脑压迫，形成脑的占位病变之一，在占位性病变形成期，脑组织受到囊肿体积胀大压迫，产生系列性的压迫性。
一般来说，怀孕期间子宫有囊肿，需要判断是宫颈囊肿还是卵巢囊肿，如果是宫颈囊肿，这种情况不要紧，是慢性宫颈炎引起的宫颈内口腺体分泌物潴留引起的，不需要处理，宝宝出生后定期检查就可以了。如果是卵巢囊肿，根据囊肿的大小、有无临床症状进行判断。建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入。
口角内的粘液性囊肿，治疗方案就是进行手术切除。同时要注意口腔的清洁卫生，每天进行刷牙漱口，同时使用碘附进行消毒，另外要使用生理盐水漱口。可以去口腔科就诊，不要自己弄破，以免造成口腔感染，必要时手术去除，平时减少不必要的刺激。不要经常去咬，注意口腔卫生。
脑部有囊肿是非常可怕的，如果长时间不治疗，不仅会压迫脑组织脑神经的，甚至有一天囊肿长大会侵蚀其他组织。孩子才两岁一定要及时治疗，避免囊肿越来越大影响孩子的正常发育。治疗后一定要严密观察孩子的各项生命体征，出院后也要定期的复查身体，避免囊肿再次出现。
