需要综合治疗，如穿刺吸脓、抗炎和营养支持。到医院普外科或肝胆外科进行治疗，并定期接受治疗。病人需要保持愉快的心情，注意休息，避免疲劳，不喝酒，不吃辛辣食物，并保持正常的生活习惯。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
肛周脓肿切开引流后要按时进行换药，可以使用中药进行清洗和坐浴。手术之后完全恢复的时间差不多要在20天到一个月。同时要注意多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果，避免大便干燥。
医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
首先应确诊为化脓性感染，形成脓腔，结核性冷脓肿无混合性感染时，不做切开引流。保证脓腔引流通畅，切口需做在脓腔的最低部位，切口必须够大，可做一到两个对口引流。切开时不能损坏重要血管、神经，颜面部切开引流应注意尽可能不损坏面容。切口部位的选择，注意愈合的瘢痕不影响该处的功能，尤其是手指的触觉，手的握力，足的负重及关节的运动功能等。
