医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
肛门脓肿属于肛周的一种急性感染，发生原因主要是由于肛腺反复感染不愈导致的。另外也有一部分患者有基础疾病包括糖尿病，高血压等疾病，机体免疫力低下，在反复的腹泻或者外伤之后也会导致肛周局部软组织感染，诱发脓肿形成。
引起肛周脓肿的原因有：感染，是肛周脓肿的主要原因；直肠内异物损伤，病人因食用红枣误吞枣核，枣核横向位于直肠末端，尖头刺破肠壁，导致直肠黏膜损伤，从而引起肛周脓肿；疾病因素，如直肠癌感染也可发生肛周脓肿。
现代医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。