如果囊肿直接导致了肌酐明显偏高，时候就有必要进行手术治疗了，因为越到后面，肾脏功能影响越大，比较大的囊肿，手术可能起到减压，缓解对附近肝肾组织的压迫作用。
小儿轻度肾积水可以不采取外科手术，通过服用药物治疗。
肾积水通常是尿道堵塞，并伴有肾组织萎缩。泌尿系梗阻可见于泌尿系的任何一处，可能是一侧或两侧。堵塞的程度可以是完全的，也可以是不完整的，如果持续一段时间就会出现肾积水，要排除梗阻的原因，这样病情就会好转，但是在日常生活中要注意避免进食过多的流质食物，否则会导致尿液排出。
肾结石不一定需要手术治疗，对于结石较小的，肾结石的治疗包括保守治疗、药物治疗、手术治疗等措施。根据病情不同，采取不同的治疗方法治疗，具体药物的用法用量要在指导下应用，在日常生活当中要注意休息，避免劳累。
肾囊肿五公分可以手术，因为肾囊肿没有其他的治疗方法，想治愈只能是手术治疗。肾囊肿一般超过四公分就可以手术治疗。如果有腰部的酸胀，或者有活动后的不适症状可以手术。但是如果患者已经年龄超过70岁，囊肿直径五公分，完全可以不手术，不需要治疗。
微创肾结石手术要住院一周左右。手术方式包括输尿管软镜碎石术，经皮肾镜碎石术，开放性手术，腹腔镜切开取石术等。软镜碎石术在术后2-3天就可以出院，住院5天左右；经皮肾镜碎石术，住院一周左右；开放性手术要住院10天左右。
肾积水的治疗目的是：根除病因、改善肾脏功能、减轻症状、清除感染、恢复正常的肾脏组织。对于肾积水的病人，如果病情不严重，而且病情发展的很慢，可以观察到肾功能已经达到了一个平衡和稳定的状态，但是需要定期的检查来了解积水的进展，可以自己去做。如果局部压迫时间太长，导致输尿管局部发育严重，则需切除后重新吻合，术后肾脏病变逐渐加重，临床表现明显，肾脏功能持续降低，阻塞原因明确，有并发症，需手术。
