如果根管治疗减菌不完全、牙套材质不良，或密合度不佳，都有可能导致牙根里头持续发炎、化脓的牙根间囊肿，如果不及时治疗，通常牙齿內的細菌會慢慢侵蚀，甚至从一颗牙根传染到另一颗牙根。牙根里发炎、化脓，暗藏许多细菌，才会导致疼痛，忽视的結果可能会造成蜂窝性组织炎，严重甚至扩大感染。
根尖囊肿手术结束后骨头需要修复，和普通骨折愈合的时间差不多，时间大概三至六个月，这个愈合的情况还因人而异，具体的还需专业医生判断。建议等三至六个月做修复体修复。进行根尖囊肿手术后一般要进食软食和流质饮食为主，不吃辛辣刺激的食物和过硬过热的食物。
根尖周炎和根尖囊肿一般需要根管治疗。
根尖周炎有急性根尖周炎和慢性根尖周炎两种类型。慢性根尖周炎又分为根尖周脓肿，根尖周肉芽肿，根尖周囊肿，属于慢性根尖周炎。根尖周炎需要根管治疗，根尖囊肿需要根管治疗，但是根尖周炎单纯根管治疗并不能完全根除囊肿，所以除了跟管治疗之外，还有根尖切除术，根尖周炎还需要切除囊肿。
如果是没有任何的症状，可以进行继续观察变化，一旦出现症状或者持续性增长的情况，就需要考虑进行手术治疗，使用药物进行保守治疗一般是没有效果的。多注意休息时间的合理安排。
牙根尖囊肿要到正规医院拍摄根尖片或者曲面断层片，确定是哪个牙，囊肿有多大，边缘到哪，然后再确定进一步的治疗方案。一般根尖囊肿需要进行手术治疗，如果囊肿比较大，边缘已经达到牙槽突的顶部，牙齿已经出现松动，这时需要拔除根尖囊肿的牙齿，然后把根尖部的囊肿完整摘除。如果囊肿不大，仅限于根尖区，可以先进行根管治疗，然后进行手术切除囊肿和囊肿附着内的根尖部分，再进行根尖的倒根充，这样就可以治愈。
根尖囊肿如果发生肿痛现象，多数是属于慢性牙槽囊肿发炎的症状。这种炎症如果不及时治疗，有可能炎症加重后会引起牙髓炎，而且也极有可能会引起牙槽骨的脓肿加重。建议及早就诊，早些治疗。
