口腔粘液囊肿有以下治疗首先是由于外伤刺激，从而引起的口腔粘膜性损伤，可以使用冰块冷敷治疗。然后是粘液性囊肿的，可以进行手术切开，挤出脓液，要注意局部卫生。
口腔囊肿也是分好多情况，而如果囊肿是牙源性来源的囊肿，是体积比较小，范围比较局限在根尖的附近。经过根管治疗以后，有一部分囊肿是可以自己消失的，是不需要做手术治疗。如果囊肿的体积比较大，或者非牙源形性的，有一些囊肿甚至是x线检查觉得像是囊肿，其实是肿瘤，比如角化囊性瘤，就是以前称为角化囊肿，造釉细胞瘤等之类的肿瘤，就是不会自己消失的，需要尽快做手术。
早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
口腔囊肿分为发育性和炎性囊肿，发育性囊肿是指在牙胚牙齿的发育过程中或颌骨的发育过程中形成了囊肿，炎性囊肿是指口腔炎症所继发的囊肿，通常见于根尖炎，牙周炎或者其他疾病继发出现，需要到医院的口腔科就诊检查。此类疾病需要做到早期发现，早期治疗，平时可能需要加强预防，尤其注意口腔的卫生。
口腔囊肿一般分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。含牙囊肿的治疗原则是，手术摘除囊肿以及囊肿内所含的牙齿。
口腔囊肿，是由于慢性炎症刺激引起的症状，会出现局部出现异物感的情况，可以及时采取消炎药物进行治疗，口腔囊肿发病初期一般都为良性肿物，其与周围组织间有很明显的界限，所以手术很容易摘出，建议平时多吃一些清淡易消化的食物。
