口腔粘液囊肿有以下治疗首先是由于外伤刺激，从而引起的口腔粘膜性损伤，可以使用冰块冷敷治疗。然后是粘液性囊肿的，可以进行手术切开，挤出脓液，要注意局部卫生。
口角内的粘液性囊肿，治疗方案就是进行手术切除。同时要注意口腔的清洁卫生，每天进行刷牙漱口，同时使用碘附进行消毒，另外要使用生理盐水漱口。可以去口腔科就诊，不要自己弄破，以免造成口腔感染，必要时手术去除，平时减少不必要的刺激。不要经常去咬，注意口腔卫生。
粘液囊肿这个病需要及时治疗，治疗以手术治疗效果较好，手术应将发病之腺体同时摘除，因其发病原因就是腺体导管的损伤或阻塞，如果手术后遗留有受损腺体，则难免再次出现涎液潴留，囊肿复发。
尽快到正规医院的口腔科检查确诊，如果是囊肿之类的，一定要尽早手术，也有可能是龋齿引发的瘘管之类的。平时一定要保持口腔的清洁卫生，做到早晚刷牙，饭后漱口，定期洁牙等。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
囊肿摘除术适用于囊肿与粘膜无粘连者。囊肿切除术适用于多次复发或局部疤痕，囊肿与粘膜有粘连者。不愿意手术者，可在抽尽囊液后，向囊腔内注入2%西药0.2—0.5ml停留2～3min后再抽出碘酊，使囊肿纤维化。