目前，肾囊肿还没有好的特殊治疗方法。如果囊肿相对较小，囊肿的大小只能在任何时候通过观察来检查。如果囊肿相对较大，那么就需要手术。这个肾囊肿不经治疗是无法恢复的。平时，应注意饮食，控制囊肿的发展。
中药治疗肾囊可以选择知柏地黄汤合小蓟饮子加减来治疗的。中医治肾囊肿可根据病人体质来选择，如肾虚火旺的病人，如有小便短赤带血，头晕耳鸣，神疲，口干咽燥，腰膝酸软，舌质红等症状的，主要就是要滋阴降火，凉血止血。
出现肾囊肿之后可以采取中药调理，中药调理可以帮助更好的治疗，但是不能够起到完全恢复的效果，因为出现是那种属于慢性疾病，这个阶段吃中药不能够帮助恢复，如果想要恢复，还应该到医院检查治疗，然后做手术进行改善。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
肾囊肿一般发病比较缓慢，多见于中老年人，主要是年龄偏大以后出现身体机能的下降，而在肾脏的皮质或髓质形成了憩室，液体积聚在内行成了囊肿。对于它的最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。
