电子结肠镜检查与一般肠镜检查是两种不同的方法。在进行无痛肠镜检查时，病人会先进行全身麻醉，所以不会感觉到任何疼痛。
但如果是一般的肠镜检查，由于检查设备有可能会刺激肠道粘膜，导致疼痛，需要做好肠镜检查。做完肠镜检查后一定要避免吃辛辣刺激性的食物，避免出现腹泻、腹部疼痛等情况。短时间内建议饮食以清淡为主。
直肠镜检查可以分为有痛以及无痛，无痛是在静脉麻醉操作下进行检查，有痛肠镜在进行检查之前的前一天，应该叮嘱病人流质饮食，检查前的早晨口服硫酸镁以及甘露醇等量的盐水或者温水清洗肠道，排出清水样便之后可以进行检查。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
有点痛苦，做之前先洗肠，就是把润滑剂从肛门灌进去，再排出来，起到清洁肠道的作用，再就是做检查，把一根大约直径2厘米的圆柱形软的镜子伸到肛门里面，观察一下肠道里面的情况。
在直肠镜检查的过程中，检查病人应采用左侧卧位的姿势，双膝同时要注意屈伸。在进行直肠检查时，医生应该通过肛门慢慢将直肠镜片引入体内。在该检查期间，病人可能感觉到腹部有肿胀感并产生感觉，病人应该通过深呼吸来放松。
