长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
二甲双胍表现为食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、胃痛、口中金属味。可在不同程度上减轻以上的不良反应。有时会有乏力、疲倦、体重减轻、头晕、皮疹的情况。目前没有好的替代药物，当出现胃肠道反应时，可以先观察看看。
二甲双胍的副作用主要表现在消化道的反应，患者可以表现为恶心、呕吐、纳差、进食以后感觉腹胀、消化不良。有的患者可以出现口腔金属异味感，可以伴有腹泻的出现。皮肤过敏反应发生较少，最为严重的副作用是乳酸性的酸中毒。
二甲双胍副作用不大，胃肠道反应，部分患者服用二甲双胍后可能出现上腹部不适、恶心。肝、肾毒性，出现在少数患者中，肝、肾功能不全的患者中禁止使用二甲双胍。最后还有乳酸酸中毒和药物过敏。
二甲双胍主要的副作用是胃肠道的反应，如恶心、腹部不适、腹泻。还有极少数患者可出现皮疹、荨麻疹。二甲双胍可以抗血小板聚集、降脂，但要掌握好它的禁忌症，如有严重的肝肾功能不全的糖尿病、严重感染缺氧、接受大手术的患者，暂时不要使用。
这种药物可引起纳差、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、口中金属味等多种胃肠道反应。可以在餐后服用以减少胃肠道刺激。在机体患有缺氧性疾病、心肺功能不全时易引发乳酸酸中毒，应当尽量避免使用。少数人服用这种药物可能会出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏情况。
