良性卵巢肿瘤，要切除患侧卵巢肿瘤，手术时一定要检查对侧的卵巢情况，如果对侧也有肿瘤则必须切除，同时做病理检查.但术后易复发.恶性肿瘤者：手术是首选方法，其手术范围要广，一般都切除全子宫，双附件加大网膜.手术后还须进行化疗、放疗。
不超过3厘米而且在排卵期以后就会消失的卵巢囊肿就是生理性卵巢囊肿。超过3厘米不随月经周期变化的就是病理性卵巢囊肿，卵巢囊肿大部分都是良性的，不要担心，直径超过6厘米的卵巢囊肿是需要手术治疗的，因为会因为卵巢囊肿蒂扭转而发生急性腹痛。
巧克力囊肿没有生理性的。是子宫内膜异位症的结果，有两种可能：1.不是巧克力囊肿；2.是巧克力囊肿。不论是不是巧克力囊肿，由于手术直接将囊肿切除了，病灶全部切掉了，自然就没事了。如果有残留的病灶存在，就很可能还会复发。
卵巢生理性囊肿时，大多没有明显的自觉症状，只是在查体时偶尔发现。病理性囊肿症状主要依据肿瘤的大小、肿瘤的部位，以及是否伴有其他内分泌方面的改变。有部可能没有明显的自觉症状，而部分则表现为下腹坠胀不适、下腹痛、月经异常、阴道流血淋漓不断、痛经。
如果恶性肿瘤一般不会缩小，只会越长越大的。如果囊肿透声比较差，或者是囊实性的肿物，或者是肿瘤标志物数值偏高的情况下，是要选择手术治疗的，因为这就不是单纯的囊肿了。
生理性的卵巢囊肿直径不会超过5厘米。直径小于4厘米的生理性卵巢囊肿都可以不用治疗，病人只要做好定期的检查观察就行。超过4厘米就要手术切除了，应该观察一段时间。看消失还是增大。
