巧克力囊肿表现主要为痛经，性交疼痛，不孕症等。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加等长到一定大小，会自发破裂。还有很多是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象。
预防巧克力囊肿注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生，不要喝酒抽烟，定期做复查，可以配合活血化瘀药物进行治疗的，必要时可以考虑做微创术。
痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。还有不孕及月经失调。
巧克力囊肿可以引起进行性性交疼痛，小腹疼痛，腰酸，白带异常，阴道出血等症状的，巧克力囊肿常有月经周期缩短以及经期延长等现象，月经来潮时可能没有疼痛，但是某一个时期开始出现痛经。
巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重，对于卵巢巧克力囊肿，临床上一旦发现尽快给予手术治疗。
巧克力囊肿三大早期症状：不正常的经痛，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽视。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血。没有避孕也不会怀孕。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
