肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。
肛周脓肿一般是由于肛门里的腺体感染造成的。腺体感染后，沿着肛门周围的间隙扩散，有些比较表浅的，就形成了肛周的皮下脓肿，有些会扩散到周围，像脂肪厚间隙甚至坐骨直肠间隙，更深的可以到骨盆直肠间隙。肛周脓肿多见于男性，男女比例是9：1，这可能与激素水平有关。
肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易受损伤及细菌的侵入而引发感染。肛窦一旦感染后，会引起肛门腺感染化脓，炎症向肛周的间隙内扩散。因为肛周间隙抵御感染的能力差，感染比较容易在这些间隙中扩散。
