肛周脓肿和机体的免疫力低下，长期一个姿势，便秘，以及局部有慢性炎症都有直接关系，是由于肛门周围皮肤皮下细菌感染，所产生的皮下脓性分泌物，需要及时采取一些敏感的抗生素，进行抗炎治疗，在治疗期间不要吃刺激性较大的食物，需要戒除烟酒。
肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
病人有发热，肛周肿痛严重的还会出现寒战和高热，诊断明确应该及时的选择手术治疗，进行切开引流。而肛周脓肿的发生原因最常见的就是肛腺的感染反复发作不愈继发而来的，术后也要联合抗感染治疗，坚持每天进行局部的清洗和换药。治疗期间以全流质饮食为主，留取脓汁进行细菌培养和鉴定，针对性选择抗菌药物。肛周脓肿如果治疗不及时，很容易形成慢性的窦道，也就是导致肛瘘的形成，治疗周期比较长也会增加病人的经济负担。
肛周脓肿不同于一般外科感染性脓肿，如体表的疖肿、蜂窝组织炎等，肛周脓肿是因为细菌感染后化脓形成的。引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有肛门腺感染：肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易损伤及细菌的侵入而引起感染，全身抵抗力减弱。
可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
肛周脓肿是肠道内细菌感染，“肠道菌”是源头，是致病的要素。“肛窦”是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。“肛腺”是感染的途径，它先发生感染，然后蔓延。“肛周间隙”是最终的发病部位。肠道菌进入肛窦致其发炎，堵塞肛腺开口，致肛腺液流出受阻，引起肛腺感染，感染通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙，最后就形成了肛管直肠周围的脓肿。