手术后要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。术后饮食宜清淡，多吃水果蔬菜，多服用一些高蛋白食物，适当活动，术后注意休息，注意饮食，一个月之后，就可以复正常了。
大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
巧克力囊肿微创术后喜欢身体允许就可以洗澡，因巧克力囊肿手术容易反复复发，手术后一定先调理好自身的状况，应特别注意摄养、严禁房事，保持外阴及阴道的清洁，心情舒畅稳定，尽量减轻生活中的各种竞争压力，切忌忧思烦怒，学会自我调节、注意保暖，避免受寒，冒雨涉水，或冷水淋洗，游泳等，劳逸适度，饮食富于营养，宜清淡、易消化，忌食生冷刺激性食物，保持机体正气充足，气血通畅。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
因为巧克力囊肿术后复发率很高，所以术后可以打针延缓复发，一般打的是促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-a)。一般在术后第1次来月经的第1-2天开始注射第一针，以后每28天一针，连续使用3-6针。
