巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经去专业正规的医院进行检查和治疗。家禽家畜，蛋乳，鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺，蛤蚌，蟹，鳖偏凉食，宜少食。
治疗巧克力囊肿时，如果囊肿较大，可以进行保守治疗，切除囊肿组保留子宫和卵巢。巧克力囊肿不属于肿瘤，这是子宫内膜异位症的一种，一般是良性的，不会发生癌变。但是由于其特殊的部位，所以使用药物的效果不好。但是这种囊肿会随着月经周期的进行而逐渐增大。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。药物治疗可能会使巧囊的体积有所缩小，但消除巧囊的比较困难。如果药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能仍未恢复者或巧囊直径大于5—6厘米，特别是希望生育者，可以经过腹腔镜手术剔除。
巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
