一般情况下，肾结石治疗方案有有以下几种：
1.总体治疗
（1）大量饮水保持尿量超过2000毫升。
（2）调整饮食，避免高盐、高蛋白饮食。草酸钙结石要避免食用高钙、草酸高的食物。
2.去除原发病因素
3.药物治疗：紧急使用药物，改善症状，排石药物，预防结石复发。
4.手术治疗：体外震波碎石，输尿管镜取石，经皮肾切开取石术，开放性手术。
手术治疗，可分为经皮肾镜碎石手术，腹腔镜切开取石手术，输尿管软镜碎石手术，开放肾脏切开取石手术，需要结合结石的大小是否多发，肾脏积水的情况，以及梗阻的程度，来决定手术治疗方案。
膀胱结石的治疗以手术治疗为主，同时进行病因治疗、抗感染及对症治疗。手术的方法分为微创及开放手术两种类型。微创手术是经过尿道把碎石器械放到膀胱内，进行碎石，并把结石取出。微创手术有如下几种，大力碎石钳，用钳子把结石直接夹碎，适合于直径小于两厘米的结石。超声压弹道或者钬激光碎石。
如果结石体积比较小，可以通过多饮水、多活动，甚至是做一些蹦跳的运动，让结石自行排出；如果结石体积比较大，需要选择介入手术的方式进行治疗，包括开放取石、激光碎石或者是体外碎石。
肾结石的治疗方案要根据结石的大小，部位等因素，治疗的办法也会有所不同的，如果直径小于0.6厘米以下，可以多喝水，多运动，结石可以排除，配合输尿管扩张的药物，如果大于0.6厘米以上，就得碎石治疗。
