下尿路梗阻、前列腺增生、神经源性膀胱功能障碍、偏瘫或其他疾病等引起的慢性尿潴留，而形成的膀胱结石，不能采取体外冲击波碎石，结石体积较大，体外冲击波效果不佳，因为尿道狭窄、前列腺增生或膀胱功能障碍，打碎的结石可能无法从膀胱排出。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
膀胱结石手术后要以清淡、低蛋白、低脂肪食物为主，要限制超量营养。应适当多吃粗粮和素食，饮食要多样化，多吃富含营养和维生素的食物，应该多饮水，不喝浓茶、浓咖啡，不憋尿，定时排尿。限制草酸盐摄入。草酸盐会与体内的钙结合形成草酸钙，沉积形成结石。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
膀胱结石的手术方法有很多，膀胱结石手术一般适用于大于两厘米以上的结石。若膀胱结石小于两厘米，也可以通过体外冲击波碎石来进行治疗。常用的膀胱结石手术方法有以下几种：第一，经尿道膀胱镜大力碎石术。第二是经尿道膀胱镜钬激光碎石术。第三是，耻骨骨上膀胱切开取石术。做这几种手术方法都是需要打麻醉的，一般是选择做全身麻醉。
膀胱结石手术一般五六天就可以出院，现在膀胱结石手术都是微创的，创伤很小，恢复的很快，一般术后第二天就可以活动，术后一般需要保留导尿，一般三四天就可以拔掉尿管，如果复查尿路平片是阴性就可以出院。
