下尿路梗阻、前列腺增生、神经源性膀胱功能障碍、偏瘫或其他疾病等引起的慢性尿潴留，而形成的膀胱结石，不能采取体外冲击波碎石，结石体积较大，体外冲击波效果不佳，因为尿道狭窄、前列腺增生或膀胱功能障碍，打碎的结石可能无法从膀胱排出。
如果结石单一，且个头不是特别大，采取经尿道的碎石的方法。根据结石的大小及数目来判断采取何种治疗方法。结石比较大，需要手术治疗。结石很小，可以多喝水，较小的结石可以排出。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
无痛的。膀胱结石可以选择体外冲击波碎石。体外冲击波碎石一般适用于大于六毫米，小于两厘米的膀胱结石。如果膀胱结石通过体外碎石效果不佳，可以选择做膀胱结石微创手术。体外冲击波碎石的优点是创伤比较小，可以多次的体外碎石，恢复起来也比较快。