巧克力囊肿破裂要进行手术。巧克力囊肿破裂会引起剧烈的下腹部疼痛。应去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位导致，如果不及时清理干净，就会导致内膜在腹腔各处异位生长。
卵巢巧克力囊肿破裂是临床上最常见的急腹症之一。如果囊肿体积相对较大，内出血量相对较大，还有贫血、休克等。联合起来，需要尽快进行外科治疗。任何时候都可能引起痛苦的休克等危及生命。因此，如果有这些症状，请尽快就医，随时准备住院，并执行袋液清洗和清除操作。
巧克力囊肿破裂不是必须要切卵巢的。巧克力囊肿破裂，有时候需要急症手术来将巧克力囊液洗出，必要的时候进行患侧附件的切除或术后长期进行一些药物性闭经。对于有生育要求的女性，在手术以后，病人要尽早怀孕，对于无生育要求的围绝经期的女性，可以进行子宫加双侧附件的切除。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
