一般来讲，甲状腺疾病具有很多类型，不同类型的甲状腺疾病会有不同的药物。
如果是甲状腺功能减退，就要用甲状腺素片和左甲状腺素钠进行治疗
如果甲状腺功能亢进，一般是应用甲巯咪唑或丙硫氧嘧啶等抗甲亢药物。
如果是亚急性甲状腺炎，可以用双氯芬酸钠、布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药。
而如果是甲状腺结节、甲状腺囊肿等比较严重的疾病要根据情况采用不同的治疗方式。
甲状腺结节需进行B超、CT等检查。
甲状腺结节需进行颈部B超复查，B超若发现甲状腺实性结节，尤其结节内钙化，边界不清，恶性发生概率大。如果不加区别地将其分为良性与恶性肿瘤时，就会造成误诊误治。单纯囊性结节恶性可能性小，对混合性之结节，亦可能为恶性。如果出现肿大或肿块时，应考虑为甲状腺癌的诊断依据之一。同时应该进行颈部CT检查；CT检查对甲状腺结节性质的影响，浸润周围组织器官病变的程度，以及有无淋巴结转移的问题，能做更清晰的展示。目前超声引导下穿刺活检在临床上已被广泛应用。甲状腺核素扫描等，基于结节摄取放射性核素能力，有热结节与冷结节之分。热结节为甲状腺结节，具有功能自主性，差不多大多是良性的，冷结节有癌变的危险。
抗甲状腺药物治疗常见副作用有：
1、白细胞减少，严重患者可引起粒细胞缺乏。白细胞减少时，合并上升药物口服，定期复查血常规。发展为粒细胞缺乏，需停止抗甲状腺药物治疗，给予促进白细胞生成的药物。
2、肝功能损害、抗甲状腺药物可引起中毒性肝病，其中丙硫氧嘧啶最易导致丙转氨酶或谷丙转氨酶水平升高。给予抗甲状腺药物后，定期复查肝功能，必要时停用抗甲状腺药物，用保肝药物治疗。
3、出现皮疹后进行抗过敏药物治疗。皮疹严重时，可停止抗甲状腺药物治疗。患者口服抗甲状腺药物治疗出现严重不良反应，应考虑更换碘-131治疗或外科手术治疗。
对甲状腺炎病人，通常在饮食方面必须格外注意。
如果是在夏季或者秋季进行甲状腺疾病治疗，那么就应该选择合适的时间服用一些药物，这样才能够起到良好的效果。饮食宜清淡，别吃太生太冷的，辛辣刺激性食物，而通常戒烟、戒酒，因为烟、酒等刺激性食物会使身体各器官兴奋，并降低机体免疫力，对甲状腺炎这种病症治疗并无帮助。
亚急性甲状腺炎的治疗方法主要是对症治疗。
急性甲状腺炎是一种自身局限性疾病，主要表现为发热、甲状腺痛，经过一定的病程病情逐渐自行缓解。患者需要充分休息，如甲状腺痛明显可给予非甾体抗炎药止痛。如果发热体温在38以上，可以给予退烧药。发热、甲状腺痛症状严重，患者无法耐受，可接受糖皮质激素治疗。使用糖皮质激素可以迅速缓解症状，减轻亚甲蓝症状。但糖皮质激素有一定的不良反应，激素在早期停药后病情反复，必须谨慎使用糖皮质激素。
桥本甲状腺炎要第一时间去医院检查，第二，桥本甲状腺病没有特殊的疗法，只能在甲亢、甲减等甲状腺机能不正常的情况下进行治疗。
当甲状腺肿大的时候，出现了压迫感，比如呼吸困难，比如吞咽困难，比如压迫到了喉咙，食管，或是有可能是甲状腺的恶性病变。桥本甲状腺炎，在有甲亢的情况下，可以服用普萘洛尔之类的降低心跳的药，但是如果是甲减，则要服用甲状腺激素来进行治疗。