有副作用，麻醉风险:治疗期间可能发生麻醉事故，偶尔麻醉后可能出现后遗症等。呼吸困难:由于儿童在检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，造成呼吸困难；低氧血症:一些高度反应性的儿童会遭受严重的支气管痉挛。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
支气管镜检查后应严格卧床休息，避免剧烈活动；为防止吸入或咳嗽等麻醉并发症，应在两小时内避免进食，也不要不要喝水；尽量不要进行重的体力活动，特别是用力咳嗽，如果用力咳嗽或者做体力活动以后，会引起咯血。此外，支气管镜检查一般需要侧位。少数患者术后会出现咯血，拉咯血量大，会进入正常支气管，有窒息的危险，因此，术后需采取侧卧位。由于喉咙有麻药的作用,咽喉部会有不适觉，建议不要用力的咳嗽。出现发烧需要与肺部感染鉴别。
支气管镜需要600元-1000元左右。支气管镜其实就是通过纤维支气管内镜，进行检查的一项特殊检查，纤维支气管镜弯曲自如，能直视病变，还能做黏膜刷检和活检、经支气管镜肺活检、经纤支镜肺泡灌洗。
支气管镜检查是指将支气管镜经过口腔，或者鼻腔通过声门放入支气管的下呼吸道，观察气管和支气管的病变。支气管镜可以分为硬质支气管镜和软性支气管镜。可以检查支气管，细支气管腔内的病变，像支气管内结核，肿块，中心性肺癌。还可以观察周围型肺包块结节，检查支气管腔外病变，其他还可以经支气管镜活检，做支气管肺泡灌洗术等。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
