复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
是能治好的，但目前巧克力囊肿除了手术外，尚无一种理想的治疗方法。无论是药物治疗抑或保守性手术均有相当高的复发率。要想治好还是得找到源头去切除。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病较好的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的选择。
其病理病因目前尚不清楚，可能与内分泌失衡有关，女性内分泌不协调就会导致体内雌激素和雄激素不能正常分泌，但这并不一定会导致卵巢巧克力囊肿，子宫内膜异位到卵巢的同时，还受激素影响逐渐增厚，这便有可能形成卵巢巧克力囊肿。也有的认为流产、打胎有可能会引发此类疾病。
