三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的，是没有什么分类的，随着月经来潮，囊肿会越来越大，主要表现为经期腹痛。巧克力囊肿容易引起盆腔粘连，输卵管粘连，甚至影响怀孕。
巧克力囊肿其实就是子宫内膜异位囊肿，正常时候子宫内膜应该生长在子宫内，受到女性体内激素的影响，每个月脱落一次，如此便形成了月经，但脱落的子宫内膜碎片若是逆流进入盆腔，就会形成异位囊肿。
出血性卵巢巧克力囊肿，饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、榧子、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿，饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
巧克力囊肿可以做B超检查，通过B超检查能够发现囊肿的大小以及位置，可以看见囊肿的具体部位，还可以判断囊肿内部的具体性质。初次前往医院检查的时候需要进行常规的妇科检查，比如三合诊检查、双合诊检查，这种检查可以发现囊肿的存在。
子宫内膜异位瘤一旦形成，其异位的程度很可能已达中度以上，若再加上卵巢外侧黏连，则很容易变为重度异位症。其治疗主要以开刀切除囊肿为主，药物为辅；抽吸（配合超音波进行）囊肿只能减少囊肿直径，是为了提高手术或药物的效果，并不能作为主要疗法。
