微波炉加热食物的同时会使食物的分子结构发生改变，产生人体不能识别的分子，其中有些具有毒性，还可能致癌。肉类、奶类、谷物、水果和蔬菜经微波炉加热后都可能产生引起癌症的化学物，因而平时应尽量少食用微波炉加热的食物。
经常吃微波食品的人或动物，体内会发生严重的生理变化。以微波炉烹煮或加热食物，会破坏食物营养，使到食物的营养大大减少，因为电磁波辐射改变和破坏了食物的分子结构。
只要正确使用微波炉，加热食物有毒就不会对人体产生危害。家用微波炉微波的频率是2450兆赫，这种微波不能透入人体伤害内部的器官和组织，只能使皮肤和体表组织发热而已，只要不是持续长时间地辐射，一般不会对健康构成危害。
母乳用100摄氏度隔水加热是不可以，这是由于母乳里面含有的蛋白质，脂肪以及维生素等营养元素，是不能用这么高的水温来进行加热，因为直接用100摄氏度水加热母乳以后，会导致蛋白质，脂肪变性，而影响母乳的食用营养价值。
母乳最好加热到40℃左右比较好，温度太低，容易引起宝宝胃肠道不适，出现腹泻，温度过高，容易破坏母乳中的营养物质，比如维生素类以及某些免疫蛋白抗体等，使母乳的质量降低。
通常来说，母乳加热后不能再加热。
母乳是婴儿成长最自然、最安全、最完整的天然食物，它含有婴儿成长所需的所有营养和抗体，丰富的钙和磷可以使宝宝长的又高又壮；免疫球蛋白可以有效预防及保护婴儿免于感染及慢性病的发生；比非得因子和寡糖可以抑制肠道病菌增生和帮助消化。除此之外，哺喂母乳的亲密接触和亲子关系可刺激婴儿脑部及心智发育。而如果母乳已经加热过了，一般不能再次加热，以免影响营养物质。
