如果囊肿直径小于5cm，无肾实质或肾盂明显受压，无感染、恶变，患高血压的人都不主张手术，可定期做B超随访观察，如果囊肿直径大于5cm或有明显压迫肾，感染等表现，则应行手术治疗，手术包括经B超或CT引导下穿刺注射硬化剂，肾囊肿去除术，目前腹腔镜肾囊肿去除术因创伤小，恢复快，已成为肾囊肿手术的首选术式。
少数肛周囊肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，注意忌酒和辛辣刺激食物，多吃蔬菜水果、多饮水，保持大便通畅，保持肛周清洁干燥，适当运动。
宫颈囊肿是不需要处理的，因为宫颈囊肿是慢性炎症刺激宫颈，柱状上皮重新生长的过程中，堵塞腺体的开口，导致分泌物排不出去，阻塞在腺体里面引起的囊肿，是慢性宫颈炎的一种类型，所以不需要处理，定期观察就可以了。如果有多发的宫颈囊肿，可以去做阴道镜，在阴道镜下进行病理活检，如果没有合并上皮内瘤变等情况，是不需要处理的，观察就可以了。
一般来说，附件囊肿破了，但是在破裂的时候出血量不大，没有出现明显的休克，或者是没有同房的情况下，可以采取保守的方法来进行止血。如果是附件的巧克力囊肿，一旦破了，下腹的痛苦就会加重，出现脸色苍白、心慌等休克的情况，就必须马上进行开腹，在这个时候，不仅要将囊肿全部取出，然后进行包扎，然后再用生理盐水清洗。术后的六个月，为了防止再次出现的朱古力囊肿，需要肌肉注射曲。
此外，应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入，有助于症状恢复。
通常来说，妊娠期间出现宫颈囊肿的处理方式，要考虑到囊肿的体积，具体分析如下：
宫颈囊肿多为主良性，如果囊肿不大，没有阴道流血、腹部疼痛等症状，定时进行检查。但如果囊肿很大，并且已经挤压到了肚子，最好做一个针刺，在生产完后进一步做手术。
怀孕期间，孕妇要注意保持愉悦的心情，以清淡、易消化的饮食为主，不要进行重体力劳动，定期进行产前检查，以免胎儿发育受到影响。
若卵巢囊肿10厘米怀孕的情况下，通常有两种处理办法。
第一，若不想继续妊娠或担心孕期卵巢囊肿破裂、扭转或恶变，建议进行药物流产或人工流产，流产后1个月左右通过做手术切除卵巢囊肿。
第二，可以选择继续维持妊娠，但卵巢囊肿体积较大，定期检查B超，监测卵巢囊肿大小，不要过度活动。避免孕期卵巢囊肿破裂、感染或扭转。若B超检查结果显示卵巢囊肿大小稳定，建议在分娩后再进行处理。
若卵巢囊肿有扭转或恶变的可能，建议在孕期切除卵巢囊肿。
