巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
左侧巧克力囊肿的治疗方法为手术，保守治疗的方法多是利用假绝经疗法。妊娠及产后很长一段时间的闭经，对其病灶有很好的治疗作用。如果急着怀孕，可以先试妊娠，能怀孕则可以等生完孩子再考虑手术问题。
巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。有25%病人无任何症状。主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常是由于巧克力囊肿破裂引起的。巧克力囊肿的另一主要症状是月经异常。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。
