最常见的副作用，常表现为胃肠道反应，如恶心，呕吐，或者黄疸，或无反应，听力下降，前庭功能损伤。肾功能损伤：表现为眩晕，共济失调，肾功能指标上升等。出现以上副作用的时候，必须停药。
抗结核的药物对人体的肝肾功能有很大的损害。所以在吃抗结核药物的同时，一定要同时服用保肝药物，并且要定期监测肝肾功能，如果发生了肝肾功能显著的下降，应该立即停药。
肺结核的治疗最主要是针对结核分枝杆菌的抗痨治疗，抗痨药物有很多种，它们的副作用根据不同药物种类而不相同。可能会引起肝损伤，还会导致血尿酸升高，出现关节痛的现象。副作用大的情况下要赶快停药。
抗结核类的药物，一般副作用会出现肝损伤，肾损伤，关节痛，转氨酶升高，黄疸升高，头晕嗜睡，头痛乏力，周身不适，视力减退，甲状腺肿大过敏等症状。有很多也会出现胃肠道反应，比如恶心，呕吐，腹胀，腹痛等症状。
会有过敏反应，有皮肤毒性，这是靶向药物最常见的副作用。有消化道毒性，主要表现为腹泻、呕吐。还有心脏毒性，可以出现高血压、心肌缺血、心肌梗死。最后肺毒性，包括亚急性肺炎和急性肺炎、肺出血、肺动脉高压等。
艾滋病感染之后需要给予抗艾滋病药物治疗，这些药物的副作用，因为每个人的身体情况不同，出现的副作用的表现也有很大的差别。至少需要停药一周后，副作用才会慢慢的减轻或者消失，所以需要用药之后观察副作用的表现情况，如果没有明显的表现继续用药，如果副作用非常大，导致不能够耐受，可以考虑更换药物治疗。
