卵巢巧克力囊肿是可以通过微创手术治疗，治疗后还是可以正常怀孕生子的。不过巧克力囊肿极易引起复发，如果是手术切除，还是应该要注意健康饮食，少吃含有雌激素的食物，比如豆制品，木瓜，滋补品等，定期复查。
因为巧克力囊肿术后复发率很高，所以术后可以打针延缓复发，一般打的是促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-a)。一般在术后第1次来月经的第1-2天开始注射第一针，以后每28天一针，连续使用3-6针。
大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。
