冲击波治疗的副作用也是比较明显的，包括局部组织的红肿，皮下出血，瘀斑，疼痛等，但绝大多数都是一过性的，治疗后1-2天就可以缓解或者消除。冲击波是非常安全，有效的治疗软组织慢性炎症，骨折延长愈合和疼痛等疾病。
通常情况下，冲击波治疗膝盖疾病2-3天做一次为宜，具体情况分析如下：
膝关节慢性骨肌系统疾病，如果出现剧烈的疼痛，可以选择冲击波进行治疗，震波的频率通常为半个小时，间隔2-3次。
冲击波治疗后需要休息30分钟，对于骨肌系统疾病，比如理疗、按摩、药物等，都是比较常见的，比如骨性关节炎、足底筋膜炎、跟痛症、腰骶部筋膜炎、腰肌劳损等。
冲击波可以治疗早期的股骨头坏死，分析如下：
1和2属于早期阶段症状较轻，股骨头可能出现了硬化或是囊性变。如果采用冲击波治疗，可以将患者股骨头内的硬化骨质都震碎，可以促进患者股骨头周围的输血血管给股骨头供血缓解局部的无菌性炎症，使股骨头内的缺血情况得到有效的改善。但是如果是3和4期，则是起不到太大的治疗效果。
体外冲击波通常可以治疗肾结石，建议患者积极进行治疗，具体分析如下：
体外冲击波可用于肾结石的治疗。对于直径小于2cm的肾结石和输尿管上段结石，体外冲击波的治疗成功率比较高。如果肾结石体积较大，并有严重的肾积水，一般不建议使用体外冲击波治疗。CT结石的CT值大于900U也不推荐。肾结石可以通过体外冲击波裂解结石。结石比较大，需要分阶段完成。如果有感染，建议在碎石前控制感染。
冲击波对于治疗跟腱炎是没有作用的，跟腱炎说到底还是属于软组织病变，治疗关键是修复受损的软组织，消除毛细血管及经络肿的血瘀，使经络气血运行畅达，不过治疗方法很多。
冲击波治疗副作用，一般表现为肾脏的损伤。由于冲击波冲击力较大，在击碎结石的过程中，会造成肾脏实质、髓质的冲击伤，病情严重者甚至会出现肾功能不全、肾脏萎缩的表现。还有就是继发性输尿管结石和输尿管扩张。较大的肾结石，经冲击波击碎后排入输尿管内，如果发生嵌顿，会造成输尿管结石，从而引起强烈的痉挛性疼痛。输尿管结石嵌顿较紧，会造成输尿管积水、输尿管扩张，最后造成肾功能不全。
