尿道衣原体感染一般不能自愈。
衣原体尿道炎如果不能自己痊愈，可以通过尿道分泌物进行细菌培养，再进行药物敏感性测试，选择敏感的抗生素进行治疗，可以治愈尿道炎，但不太容易自愈。患者可遵医嘱使用四环素、红霉素、阿奇霉素、氟喹诺酮类等药物进行治疗。
尿道衣原体感染通常建议服用抗生素类药物。
衣原体引起尿道感染属于非淋菌性的尿道炎，对衣原体比较敏感的抗生素主要包括阿奇霉素片、左氧氟沙星片、环丙沙星片等药物。具体用药建议去正规医院在医生指导下选择合适的药物，抗生素治疗一定要坚持以保证基本清除尿道当中的衣原体，使感染得到控制。
阿奇霉素可以给小孩吃，建议用于6个月以上的孩子，6个月以下的孩子不要用因为对小孩的肝脏有一定的影响。阿奇霉素属于大环内酯类的药物主要适用于治疗支原体以及衣原体感染。
衣原体感染服用四环素类、阿奇霉素等都比较好。
阿奇霉素是一种用于治疗支原体感染、衣原体感染、青霉素和头孢过敏的大环内酯类药物。而四环素类药物对衣原体的感染都有很好的作用，其中多西环素具有每天服用量少、耐受性好、半衰期长等特点，就算出现了一次疏忽，也不会影响治疗效果。
衣原体感染后，患者可以服用红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等红霉素类药物进行治疗，效果是比较好的。
患者也可以选用四环素、盐酸米诺环素等四环素类药物进行治疗。如果四环素类药物和红霉素类药物治疗效果不好，可以选择莫西沙星进行治疗。
建议患者在医生指导下用药。
感染衣原体感染潜伏期为1-3周，典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染相似，衣原体表现为尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频、排尿刺痛，特别是当尿液较为浓缩的时候明显。另外，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性。
