这两个是属于不同的疾病，子宫内膜异位症是由于子宫内膜移位于正常的宫腔向宫腔以外的组织生长，巧克力囊肿一般是由于体内的激素水平升高，形成的淤血块，发现之后立即通过手术进行切除之后再做个病理，子宫内膜异位症会导致进行性痛经，也可以通过手术进行治疗，或者是使用一些激素类的药物进行治疗。
子宫内膜异位囊肿可能会影响怀孕的，医院做一个全面的检查，然后针对性的治疗，子宫内膜异位症，是造成不容易怀孕的原因之一，所以应该积极治疗，治疗子宫内膜异位，可以通过药物或者是手术的方法治疗来，建议，药物治疗是通过假孕或者是绝经的疗法治疗，假孕疗法是通过孕激素。
子宫内膜异位症是有生长功能的子宫内膜出现于正常子宫内壁以外的部位，子宫内膜异位症的主要方法就是手术治疗，因为这样的方法可以在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好，术后要注意护理，要注意个人的饮食习惯和生活习惯，这样才能让身体尽快的恢复，同时术后，不要急着怀孕等身体完全恢复后再进行怀孕。
子宫内膜异位症的治疗，应通过手术治疗好。不能忽视事情。子宫内膜异位症，不仅仅是会造成痛经，还是会影响到正常的生育的。事情是不能忽视的，一定要注意事情，同时也是需要检查清楚，腰酸现象还是需要全面的检查一下，看是否是与盆腔方面的病变有关。
一般情况下，卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。具体分析如下：
卵巢囊肿包括生理性囊肿，还有卵巢巧克力囊肿、畸胎瘤、黄素囊肿等病理性的囊肿。只有卵巢巧克力囊肿是由子宫内膜异位所造成的，它会伴随着女性来月经的次数而逐渐增大。因此卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。患者出现不适症状，应该及时就医检查，根据检查结果对症治疗。
子宫内膜异位症手术后，手术后体质虚弱，身体抵抗力下降，术后注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉辛辣，有刺激性的食物。术后一周就可以适当的活动了。术后身体完全恢复正常，大约需要一个月左右。
