真菌感染不会自愈，不及时治疗可能导致病情加重，必须使用抗真菌药物治疗，可以到皮肤科检查治疗。受真菌感染时就算再痒也不能用手去抓，因为手上细菌很多抓破了会加重感染。
生殖器感染者应服用抗感染药物调理。
若发生生殖系统感染，可选用诺氟沙星胶囊，左氧氟类或头孢类用药处理，还可进行药物敏感试验，结合药敏试验结果，在医师指导下，选用适当用药。治疗期间患者要注意保持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激性食物，有利于身体的恢复。
一般情况下，脸部真菌感染的治疗方法有以下几方面：
患者可以先口服伊曲康唑胶囊，但需遵医嘱，用药前辅查肝功、血脂等，也可口服盐酸莫西沙星片、复方甘草酸苷片等，再用复方黄柏洗剂、晟露洗剂等冷湿敷贴，也可以用盐酸布替萘芬搽剂、盐酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染较重，需预先进行皮肤无菌清创，再用碘化钾溶液、硝酸咪康唑软膏等交替早外涂，平时应忌辛辣、忌饮酒等。
皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。
耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
一般来说，脸部真菌感染用硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏等药有效。
脸部的真菌感染可以使用抗真菌的药物。例如：萘替芬康唑乳膏、联苯苄唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏、酮康唑乳膏、酸舍他康唑乳膏、盐酸特比萘芬涂剂。另外，如果是真菌感染导致的肉芽肿，需要服用伊曲康唑胶囊、氟康唑片、特比萘芬片等抗真菌药物。
