男性生殖器在小便的时候疼痛一般是因为内部有炎症，因为生殖器内部有尿道，所以考虑是由于尿道炎导致的。尿道炎是一种性传播性的疾病，建议可以上医院查小便分泌物和小便常规明确诊断。
排尿疼痛最常见的病因是尿路感染。尿路感染时会导致泌尿道黏膜炎性充血水肿，进而出现尿频尿急尿痛，同时可伴有肉眼血尿。通常女性朋友更容易患尿路感染，这是由于女性生理特征导致的。尤其是绝经期后的妇女，由于雌激素水平下降，导致更容易尿路感染。男性，由于尿道较长，且尿道口位置离肛门距离较远，相对不容易尿路感染。如果男性尿路感染可能与性接触相关。
小便时尿道口刺痛，推荐多喝水，吃消炎药，可以有效的改善，最大的可能就是泌尿道感染。去化验尿常规，评估尿中是否有红细胞、白细胞的增多，每天将会阴部、尿道口清洗干净，每天喝水量大于1500毫升，多排尿，促进炎症的排泄。
一般情况下，小便时尿痛可以通过药物治疗、日常护理等方式缓解相关症状，具体内容如下：
1.药物治疗：如果患者在小便时感觉尿痛，可以遵医嘱使用碳酸氢钠、左氧氟沙星片等药物进行治疗。
2.日常护理：如果患者在小便时出现了尿痛的情况，患者应注意日常护理。患者要多喝水，多排尿，也要注意保持会阴处的清洁、干燥，也可以在膀胱区进行热敷，以缓解疼痛的症状。
结合目前的症状考虑是尿路感染，多喝水，不要憋尿，同时化验一下尿常规。如果有白细胞存在的话，就考虑是尿路感染，需要服用抗生素消炎治疗的，不然时间长有可能会加重或者上行感染。同时注意保持局部清洁，选择对宝宝影响小的抗生素就好。平时也不要太焦虑，不要过于担心，心情放松，不要吃辛辣刺激的食物，忌烟酒。
解小便的时候，底下有点酸酸的感觉，这考虑是有炎症感染的原因导致的，可能有尿路感染，需要注意化验个小便常规看看，确定以后可以服用药物进行治疗，平时注意多喝水，不要吃寒凉辛辣刺激性食物，做好平时的保养。