耐多药肺结核是对多种抗结核药物都产生耐药性，这一类患者的治疗难度比较大，需要做结核菌的培养及药敏试验，根据药敏的结果选择抗结核的药物，周期是比较长的，需要18-24个月，甚至更久。
耐多药肺结核需要选择二线药物或者是更敏感的药物治疗，治疗时间需要看治疗的效果情况，治疗期间需要定期的复查，了解治疗的效果，然后决定用药的时间，治疗时间可能需要一年甚至两年的时间才能够改善，因为病情的严重程度不同和治疗的效果不同，所以需要的治疗时间有很大的差距。
如果肺结核已经出现了多种药物耐药，也就是说抗结核药物对这种结核杆菌的治疗是无效的。会导致结核杆菌对肺脏的破坏是非常严重的，会导致肺脏功能的损伤引起呼吸衰竭的情况，具体能够维持多长时间，主要看肺脏破坏的情况以及有没有相关的并发症，比如肾脏结构或者是其他部位结核感染的情况。
耐多药肺结核属于难治性肺结核，是指引起肺结核的结核分枝杆菌对常见抗结核药品产生耐药。如为广泛耐药，病情相对严重，几乎无药可治，发生率占普通结核病的10%左右。
患病者易传染家人、同事、同学等密切接触人群，耐多药结核危害重大，诊断困难且复杂，治疗亦困难，往往使疾病延迟治疗，病情可以逐渐进展导致肺组织破坏，甚至发生远处的播散。
耐多药肺结核停药前需综合考虑自身临床症状、治疗时间及胸部影像学检查与痰菌检查结果。临床症状，如咳嗽、咳痰、咳血等呼吸道症状好转，发热、盗汗、乏力等结核病的中毒症状消失，并且规律地进行抗结核治疗达到2年或2年以上，完成规定的疗程。