外阴部检查查看阴道黏膜表面是否光滑，质地是否正常，有无出血点，阴道分泌物的性状及气味是否正常。白带常规检查是否有妇科疾病，如患有性传播疾病，先彻底治疗，然后再怀孕，否则会引起流产，早产等危险。宫颈检查确定女性是否患有宫颈炎症，宫颈糜烂和赘生物等，子宫及附件检查查看女性是否会患有子宫肌瘤，卵巢肿瘤，子宫内膜异位症，盆腔炎等妇科疾病。
由于人群不同，生殖系统感染做的检查也不同。
在女性中，主要是做白带检查、妇科超声检查、宫颈刮片等三项检查。若女性阴道内有大量的白带和分泌物，可直接使用显微镜检查，观察是否有细菌和真菌。检查子宫、附件及盆腔积液时，可用于妇科彩超检查，男性则做精液检查。
生殖道感染一般需要进行实验室检查或者影像学检查来确诊。
如果有泌尿系统感染，男性可以做尿常规和尿培养。如果是精囊炎，可以做核磁共振，如果是前列腺炎，可以做肛门指诊，或者是按摩前列腺，做前列腺液检测。女性可以做白带、妇科彩超、宫颈刮片等检查。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
通常在做精子检查前，需禁欲3-5日。
如果禁欲持续时间短，对精液量、精子总数均有一定影响，若持续时间太长，对精子活力也有影响。时间越长，精子的活动力越差、时间越短、精子总数越多。在具体进行检查前需了解禁欲时间，避免影响检查结果。
在检查前，也要注意饮食调理，应尽量保持饮食清淡，检查前一天应尽量减少剧烈运到，避免影响精子活力，导致检查结果有误差。
生殖系统传染病通常会做血液化验、皮肤情况检查、分泌物化验等检查。
生殖系统传染病指主要通过性接触传播的一组传染性疾病，主要包括尖锐湿疣、梅毒、艾滋病、生殖器疱疹等。如果患者想要明确病情，通常需要做尿常规、血液化验、皮肤情况检查、分泌物化验、常规精液分析等检查。
