在月经期间进行手术，会导致出血的增多，在手术的时候不可避免造成组织的创伤，使大量的凝血因子激活并消耗，在这期间进行手术术中的创面渗血较多，影响手术的操作，术后渗血较多，会引起气道的受压等继发性的问题。
巧克力囊肿能做手术。确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连，引起不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助，对年龄较大且已有子女对侧卵巢正常、子宫无受累者为避免日后复发，也可考虑作患侧附件切除。
囊肿手术以后饮食方面要清淡，温和，少量多餐，避免各种生冷，辛辣，刺激性的食物的摄入，避免吃火锅，烧烤，海鲜等之类的，多注意休息，多吃一些新鲜的蔬菜，牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。此外，含高激素类的食物和豆制品也不要多吃或者尽量避免吃。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
卵巢巧克力囊肿采用的是微创(腹腔镜)手术，腹腔镜手术就是在腹部的不同部位做数个直径5～12毫米的小切口，通过这些小切口插入摄像镜头和各种特殊的手术器械，将插入腹腔内的摄像头所拍摄的腹腔内各种脏器的图像传输到电视屏幕上，外科医生通过观察图像，用各种手术器械在体外进行操作来完成手术。
对于巧克力囊肿，治疗方法分为保守治疗和手术治疗，如果没有任何不舒服，可以定期复查。如果伴有疼痛，反复出血，可能就需要手术治疗。注意休息，合理饮食，保持愉快心情，注意外阴清洁卫生干燥，少吃辛辣食物，定期随访观察。
