乙肝小三阳患者做抗病毒治疗，需要根据肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查结果来判定，假如乙肝小三阳患者的检查结果是乙肝病毒DNA定量大于10的3次方拷贝/毫升，其谷丙转氨酶水平大于80单位/升时，肝脏发生炎症坏死的程度大于2度等，就是抗病毒治疗的最佳时机。
乙肝小三阳需要抗病毒治疗，抗病毒治疗要足量足疗程治疗，一定要按时用药。平时一定要忌熬夜和忌口。可以适当参加户外运动以提高机体免疫力。定期复查肝功和DNA病毒数值。
乙肝小三阳需要进行抗病毒治疗。定期到专科医院检查确定病情是否稳定，病毒复制状况、肝脏受损的程度，便于专科医生及时制定治疗方案。乙肝通过血液与体液传播，具有慢性携带状态。因其可能通过性生活传播，国际上将其列入性传播疾病。
小三阳抗病毒治疗的停药标准是要求肝功能正常，表面抗原转阴、DNA转阴，达到这两个转阴之后再继续服药一年半以上，可以考虑停药。对于HBeAg阳性患者，出HBeAg血清学转换通常为大三阳转为小三阳并且HBVDNA检测不出，持续12个月以上，可以考虑停药;对于HBeAg阴性患者，如果HBsAg仍为阳性，何时停药尚不确定，在治疗至少持续2年以上，并且间隔6个月以上3次以上检查HBVDNA均为阴性。
大三阳转变成小三阳暂时无需抗病毒调理，病人体内的乙肝病毒复制得到控制，传染性由强转弱，病毒对病人肝脏造成的危害已相对大大降低。通过调理后由大三阳转为小三阳的，仍需进一步调理。定期复查即可。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗从化验结果看，病毒数量也比较多，需要继续使用抗乙肝病毒药物和保肝药物，并定期复查，抑制病毒繁殖。
