巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿是可以进行治疗的。巧克力囊肿可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。也可以使用手术进行治疗。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。预防措施有，避免人工流产。经期避免剧烈的活动。口服避孕药物。注意调整自己的情绪。保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
巧囊是子宫内膜异位症的一种，一旦发现，临床原则是手术治疗。巧囊属于两性病有向恶性发展的机率，有些人会出现痛经、性交痛、月经血块，一般来一次月经会加重一次病情，甚至还会影响生育。现代医疗水平先进，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。及时治疗不会影响。
