易出现的排异现象有发热、皮肤潮红、皮疹、肝脾肿大、肝功能异常等。除此还有一些严重的情况，全血细胞减少、肝炎、严重腹泻、骨髓硬质和感染，更严重时还会出现并发症而致死。
骨髓移植排异反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。
急性排斥是同种移植中较常见的一种排斥反应，多发生在术后数天至数月内，其机制主要为细胞免疫，即受者被致敏产生的大量细胞毒素T细胞直接杀伤靶细胞，其病理特点是炎症浸润、动脉血管内膜炎、内皮细胞空泡变性、血管壁纤维素样坏死。2、慢性排斥一般发生在术后数月至1年后发生，过程缓慢、最终导致移植物功能丧失，其机制一般不清楚。
骨髓移植后若是不出现排异的现象，那么就代表病者本身已经接受了捐赠的骨髓并与其进行融合，就可以使造血功能得到有效的修复甚至是全面重建，自然也就代表自身已经取得治疗性的目的且造血功能基本已经处于正常运行的状态。平时放松心情，避免焦虑，合理膳食，适当锻炼，提高身体机能。
半相合骨髓移植后的排异反应大，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。急性移植物抗宿主病的预防更为重要。慢性移植物抗宿主病主要表现为类似于自身免疫病的表现。
急性排异一般在移植后100天左右，慢性排异一般发生在移植100天后至2年，有2/3的人发生在移植后12月内。所以骨髓移植排异时间长短不一，有持续几个月的，也有持续几年甚至终身。
