巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。病人宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。去专业正规的医院进行检查和治疗。一般饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
女性病人有巧克力囊肿，经常出现痛经。可以治好病后再备孕。囊肿较小可以采取保守治疗的方式，常用药物治疗，如果药物治疗不是很理想，可以手术治疗比较好一些。治疗期间注意放松精神，多注意休息。不要熬夜，注意局部的卫生。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
