巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
这种症状要坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高抗病能力，可以治疗疾病，并能防止疾病的复发，选择合适的锻炼方法根据身体条件。每天锻炼，还能有助于疾病的治疗。
巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿，应引起注意。
手术治疗，年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助，卵巢巧克力囊肿破裂者手术时宜彻底清洗腹腔，切除病灶，松解粘连。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是子宫内膜异位到卵巢导致的囊肿，多数伴有痛经症状。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，如果囊肿体积不是很大，没有出现严重的压迫症状，没有出现肾功能不全，可以不用手术，要密切观察定期复查，建议挂妇科。
