肾囊肿和多囊肾是两种不同的疾病，一个是后天性的；另一个是先天性的。肾囊肿是一种后天性肾脏结构异常，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长发病率会越来越高，大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。
多囊肾和肾囊肿有本质性的区别，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，目前的发病机制不清楚，肾小管梗阻有关，与肾单位不同部位的局部扩张有关。肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿，会有多囊肝，囊肿是相通的，在肾脏会布满各种各样的囊肿，导致肾功能衰竭。肾囊肿多数为单发，或者散在多发，不会导致肾功能衰竭。
肾囊肿与多囊肾的区别主要是发病原因不同，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，与肾小管梗阻有关，或者与肾单位不同部位的局部扩张有关，而肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿。
双肾囊肿不一定是多囊肾。多囊肾属于遗传性疾病，最常见的遗传方式是常染色体显性遗传，病人有双肾囊肿，两侧肾脏超过3个囊肿，同时有血缘关系的亲人中有类似的疾病病史，再合并多囊肝、多囊胰腺、肾衰、脑血管畸形等，基本可以诊断为多囊肾，否则囊肿数目再多也不能诊断多囊肾。
肾囊肿和多囊肾当然会有明显的区别，多囊肾是一种遗传性疾病，而肾囊肿是非常常见的一种疾病，如果诊断为肾囊肿，一般对人体不会有什么太大的影响。那如果是多囊肾，有可能会导致慢性肾功能不全，对人体的身体影响是非常大的。
肾结石和肾囊肿通常不一样，建议患者积极治疗，具体分析如下：
肾结石与肾囊肿是两种不同的疾病。肾结石主要是钙的代谢系统疾病或者是泌尿系统的先天异常，比如高尿酸血症、甲状旁腺疾病、爱出汗、肾输尿管发育不良等。肾囊肿属于肾实质的囊性病变，可能是单个或多个，有些是先天性的，有些是后天的，属于良性的。肾囊肿大超过5cm，或压迫输尿管或血管，导致高血压，应及时采取宫腔镜手术。
